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根据《合同法》第281条（《民法典》第801条）的规定，合同无效，因施工人原因导致工程质量损失的，发包人有权向承包人主张损失赔偿责任。如果发包人对质量不合格也存在过错的，发包人也应承担一定责任。发包人与承包人对工程质量均有责任的，由双方按过错程度来承担责任。
实践中需要注意的是，合同无效与工程质量不一定存在因果关系，即导致合同无效的原因并不一定导致工程质量问题的产生。在处理时，应注意区分合同无效的原因以及工程质量问题产生的原因，分清发包人与承包人的责任，妥善处理双方纠纷。同时实务界普遍认为，虽然施工合同无效，但在工程质量合格按照合同约定支付工程款时，发包人有权按照合同约定预留质量保证金。
比如北京市高级人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》（京高法发【2012】245号）第31条第3款规定：“建设工程施工合同无效，但工程经竣工验收合格并交付发包人使用的，承包人应依据法律、行政法规的规定承担质量保修责任。发包人要求参照合同约定扣留一定比例的工程款作为工程质量保证金的，应予支持”。
