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建设工程施工合同无效后，对其他协议的效力有以下几种影响：
（一）结算协议效力独立于施工合同，施工合同无效并不导致结算协议无效
相对于施工合同，关于结算协议的性质，一般有两种观点：补充性和独立性。最高院民一庭认为，工程结算协议是为履行施工合同签订的，体现了工程结算的结果，其性质为补充协议，是对施工合同的细化、补充。但是，另一方面，工程结算后，施工合同双方对发包人欠付承包人工程价款数额达成一致，即工程欠款已成为一个定数，故结算协议也有一定独立性。
因此，在司法实务界，普遍认为结算协议效力独立于施工合同，施工合同无效并不导致结算协议无效。如北京、深圳、江苏地区法院出台的相关规定均持这一观点。
（二）承发包双方达成以房屋抵偿工程款协议（以房抵债协议）的，其效力独立于施工合同
1、债务履行期届满前签订以房抵工程款协议，容易被认定为无效；
2、债务履行期届满后签订以房抵工程款协议，如系当事人的真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，应为有效。
（三）垫资协议依附于施工合同，其效力不具备独立性
所谓垫资，是指承包方在合同签订后，不要求发包方先支付工程款或者支付部分工程款，而是利用自有资金先进场进行施工，待工程施工到一定阶段或者工程全部完成后，由发包方支付垫付的工程款。
关于垫资，从其性质来看，虽然承包人为发包人预垫工程款类似于借贷行为，但就合同的目的而言，双方根本的合意还是完成某一特定的工程，本质还是建设工程合同。因此，如果合同被认定为无效，则垫资问题亦应按无效处理，垫资本金作为返还财产的内容，利息可作为无效合同的损失，根据过错原则处理。
